Situada en la plaza del Santo Cristo, pasa por ser la más antigua de las ermitas existentes en Chiclana. Según el historiador Domingo Bohórquez, la edificación de la ermita habría que situarla en la segunda mitad del siglo XVI.
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La tradición, y la existencia de algunos datos al respecto, señalan que la imagen de la cofradía de la Vera Cruz fué traída de México por el presbítero gaditano Pedro López Pacheco. En 1560 la ermita estaba muy deteriorada, sufriendo incluso el derrumbe de una parte de la misma.
Hoy, debido a las numerosas obras de reforma, la ermita no presenta un estilo definido, lo que hace difícil conocer su primitiva estructura.
