No tiene un origen definido, aunque se cree que la construcción data de finales del siglo XVI y principios del XVII. San Sebastián, santo protector sobre las epidemias, fue el patrón de esta ermita, que se construyó junto al Hospital de Apestados.
![]() |
![]() |
Cita el historiador Domingo Bohórquez el testamento de un santero que se hizo cargo, hacia el año 1646, restaurándola, cuidándola y dotándola de elementos de culto, tales como casullas, lámparas y candeleros de plata, cuadros,... todos ellos de su propiedad, según se recoge en aquel testamento.

La Iglesia de San Sebastián, en el extrarradio de la ciudad y alejada del núcleo poblacional, debido al gran incremento de población que se dio en Chiclana hacia principios del siglo XVIII, la ermita pasa a ser parroquia auxiliar, dando servicio a toda esa población, siendo hacia 1788 cuando se le otorga la cabecera de parroquia autónoma.

Sucesivas transformaciones y numerosas reformas, sobre todo a partir de 1788, hacen que la ermita no tenga un estilo definido, aunque los últimos retoques aplicados a la Iglesia de San Sebastián a finales del XX le dieron ese toque neogótico que hoy ofrece.